PT Berdikari berdiri sejak 1966 dengan nama PT Pilot Proyek Berdikari berdasarkan Keputusan Presidium Kabinet Ampera Republik Indonesia No. 01/EK/KEP/1966 tanggal 12 Agustus 1966. Pendirian Perusahaan tersebut tertuang dalam Akte Pendirian No. 24 tanggal 15 Agustus 1966 oleh Notaris R. Soerojo Wongsowidjojo, S.H. serta disahkan oleh Menteri Kehakiman Republik Indonesia berdasarkan Surat Keputusan No. J. A. 5/75/9 tanggal 27 Agustus 1988. Pada tanggal 7 April 2000, PT PP Berdikari resmi berubah status menjadi PT Berdikari (Persero). Perubahan tersebut dilakukan berdasarkan Peraturan Pemerintah No. 22 yang dituangkan dalam Akta No. 16 tanggal 22 Agustus 2000 oleh Notaris Betsail Untayana, S.H. serta disahkan melalui Keputusan Menteri Hukum dan Perundang-undangan Republik Indonesia No. C-22369 HT. 01.04-TH 2000 tanggal 12 Oktober 2000.

Anggaran Dasar Perusahaan telah mengalami beberapa kali perubahan untuk menyesuaikan dengan dengan Undang-Undang No. 40 tahun 2007 tentang Perseroan Terbatas dengan Akta No. 64 tanggal 15 Agustus 2008 yang dibuat di hadapan Notaris Surjadi, S.H.. Perubahan ini telah mendapat persetujuan dari Menteri Hukum dan Hak Asasi Manusia No. AHU-69425.AH.01.02 tahun 2008 tanggal 25 September 2008.

Dalam sejarahnya yang cukup panjang, PT Berdikari mengalami pasang surut. Beberapa tahun terakhir PT Berdikari mengalami permasalahan yang kompleks. Pada tahun 2016, Pemerintah Republik Indonesia memutuskan untuk menyelamatkan Perusahaan melalui pembenahan-pembenahan organisasi dan berkomitmen untuk memberikan dukungan kebijakan dan regulasi yang diperlukan. Tahun 2017 merupakan “fase recovery” atau “fase pemulihan” yang ditandai dengan perbaikan posisi keuangan serta peningkatan kepercayaan pemerintah dan para pemangku kepentingan lain.

Upaya untuk lebih fokus kepada bisnis peternakan terus dilakukan oleh perusahaan, karena sampai dengan akhir tahun 2017 kondisi keuangan dan modal kerja masih belum baik. Beberapa strategi yang sudah dilakukan antara lain upaya pola kerjasama dengan cara sinergi BUMN, kemitraan, dan perbaikan proses bisnis. 

Pada Maret 2018, PT Berdikari mulai mengembangkan bisnis ayam yang dimulai dengan melakukan impor GPS (Grand Parent Stock) sebanyak 36 ribu ekor.  Sampai saat ini, PT Berdikari masih fokus dalam bidang peternakan ayam terintegrasi.

Di tahun 2019, PT Berdikari masih melanjutkan transformasi bisnisnya dengan memperbaiki proses bisnis, seperti membangun sistem ERP (Enterprise Resouce Planning), memperbaiki SOP (Standar Operasional Perusahaan), me-review struktur organisasi, dan menyelesaikan kewajiban masa lalu. 

Tahun 2020 PT Berdikari mulai bersinergi dengan sejumlah mitra untuk memperluas jangkauan pasar ke end user dan juga meningkatkan brand image nya dengan cara mengembangkan bisnis retail, membuka Gerai Daging Pusat dan Gerai Daging Galaxy untuk pemasaran offline, menjangkau pasar online melalui gerai di situs website Gerai Daging dan kerja sama dengan market place lokal, serta meningkatkan variasi dan kualitas produk olahan dengan merek Be Best mencakup sosi, daging sapi potongan, baso, dan lain-lain.

Tanggal 27 Desember 2021 menjadi tonggak perubahan pada PT Berdikari karena statusnya sebagai perusahaan Persero berubah menjadi Perseroan Terbatas. Hal ini ditetapkan oleh Pemerintah pada PP No. 118 Tahun 2021 tentang Penambahan Penyertaan Modal Negara Republik Indonesia ke dalam Modal Saham Perusahaan Perseroan (Persero) PT Rajawali Nusantara Indonesia, di mana saham seri B milik Pemerintah di Berdikari dialihkan kepada PT Rajawali Nusantara Indonesia (Persero).

Menteri Hukum dan Hak Asasi Manusia Republik Indonesia, sesuai Surat Keputusan No. AHU-AH.01.03-0015337 tanggal 9 Januari 2022, menyetujui pengalihan seluruh saham seri B milik Pemerintah pada Berdikari kepada PT Rajawali Nusantara Indonesia (Persero) berdasarkan Akta Notaris Aulia Taufani S.H. No. 5 Tanggal 7 Januari 2022. Dengan demikian, pada tanggal 8 Januari 2022, PT Berdikari (Persero) resmi berubah status menjadi PT Berdikari dan resmi menjadi bagian dari Holding BUMN Pangan ID FOOD.